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虚拟筛选、逆向对接和分子建模等方法在计算生物和药物设计中的应用研究

摘要本次会议讲座涉及虚拟筛选、逆向对接、药效基团建模和分子建模等计算方法在研究生物分子结构、动力和功能以及生物活性物质辅助设计的具体应用,通过以十余篇在SCI国际权威期刊上已发表或将要发表的论文实例来介绍。该学术报告可大致分为四个部分。第一部分是使用虚拟筛选流程来设计磷脂酰肌醇-3-激酶D(PI3Kδ)的小分子抑制剂以及筛选BRAF/MEK/ERK/RSK信号通路蛋白的多靶点共同抑制剂。第二部分是应用形状筛选,药效功能基团建模和逆向对接技术来寻找已知化学防癌剂包括利克飞龙(licofelone),萘普生(naproxen)和去甲基它莫西芬(Endoxifen)等的未知靶标、脱靶靶标或次级靶标。第三部分是整合同源建模,蛋白蛋白对接和分子动力学模拟来预测蛋白激酶和其包括转录因子或抑癌基因如P16蛋白底物间的结合模式。第四部分则是结合虚拟筛选,形状筛选和分子建模这三种计算方法来共同设计出一个对接在细胞周期依赖性蛋白激酶(CDKs)变异位点上的蛋白激酶Ⅲ类抑制剂。

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