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Batch correction evaluation framework using a-priori gene-gene associations: applied to the GTEx dataset.

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作者： Judith,Somekh ^[1] ; Shai S,Shen-Orr ^[2] ; Isaac S,Kohane ^[3]

作者单位： Department of Biomedical Informatics, Harvard Medical School, Boston, MA, USA. judith_somekh@is.haifa.ac.il. ^[1] Faculty of Medicine, Technion - Israel Institute of Technology, Haifa, Israel. judith_somekh@is.haifa.ac.il. ^[2] Department of Information Systems, University of Haifa, Haifa, Israel. judith_somekh@is.haifa.ac.il. ^[3] Faculty of Medicine, Technion - Israel Institute of Technology, Haifa, Israel. ^[4] Department of Biomedical Informatics, Harvard Medical School, Boston, MA, USA. ^[5]

关键词 Batch correction Batch effect ComBat GTEx Gene expression Principal component analysis

主题词算法(Algorithms);曲线下面积(Area Under Curve);计算生物学(Computational Biology);数据库, 遗传学(Databases, Genetic);上位性, 遗传(Epistasis, Genetic);基因表达调控(Gene Expression Regulation);基因(Genes);人类(Humans);ROC曲线(ROC Curve);皮下脂肪(Subcutaneous Fat)

DOI 10.1186/s12859-019-2855-9

PMID 31138121

发布时间 2023-11-04

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BMC bioinformatics

BMC bioinformatics

2019年20卷1期

268页

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