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首页> Genome biology> CHROMATIX: computing the functional landscape of many-body chromatin interactions in transcriptionally active loci from deconvolved single cells.

CHROMATIX: computing the functional landscape of many-body chromatin interactions in transcriptionally active loci from deconvolved single cells.

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第一作者： Alan,Perez-Rathke
第一单位： Richard and Loan Hill Department of Bioengineering, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL, USA.
作者： Alan,Perez-Rathke [1] ; Qiu,Sun [2] ; Boshen,Wang [1] ; Valentina,Boeva [3] ; Zhifeng,Shao [4] ; Jie,Liang [5]
作者单位： Richard and Loan Hill Department of Bioengineering, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL, USA. [1] Shanghai Center for Systems Biomedicine, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China. [2] Institut Cochin, INSERM U1016, CNRS UMR 8104, Paris Descartes University UMR-S1016, Paris, 75014, France.;Department of Computer Science, ETH Zurich, Zürich, Switzerland. [3] State Key Laboratory for Oncogenes and Bio-ID Center, School of Biomedical Engineering, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China. [4] Richard and Loan Hill Department of Bioengineering, University of Illinois at Chicago, Chicago, IL, USA. jliang@uic.edu. [5]
关键词 Bayesian inferenceCHROMATIXChromatin foldingEpigenomicsGibbs samplingHistone modificationsMachine learningPolymer modelingSequential Monte Carlo samplingSuper-enhancersTopologically associated domains
医学主题词 染色质(Chromatin);计算生物学(Computational Biology);增强子元件, 遗传学(Enhancer Elements, Genetic);基因组(Genome);模型, 遗传学(Models, Genetic);启动区, 遗传(Promoter Regions, Genetic);单细胞分析(Single-Cell Analysis);转录, 遗传(Transcription, Genetic)
DOI 10.1186/s13059-019-1904-z
PMID 31948478
发布时间 2023-11-04
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Genome biology

Genome biology

2020年21卷1期

13页

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