RBM-MHC: A Semi-Supervised Machine-Learning Method for Sample-Specific Prediction of Antigen Presentation by HLA-I Alleles.

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作者： Barbara,Bravi ^[1] ; Jérôme,Tubiana ^[2] ; Simona,Cocco ^[3] ; Rémi,Monasson ^[4] ; Thierry,Mora ^[5] ; Aleksandra M,Walczak ^[6]

作者单位： Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: bbravi.bb@gmail.com. ^[1] Blavatnik School of Computer Science, Tel Aviv University, 6139601 Tel Aviv, Israel. ^[2] Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: simona.cocco@phys.ens.fr. ^[3] Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: remi.monasson@phys.ens.fr. ^[4] Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: thierry.mora@phys.ens.fr. ^[5] Laboratoire de Physique de l'Ecole Normale Supérieure, ENS, Université PSL, CNRS, Sorbonne Université, Université de Paris, F-75005 Paris, France. Electronic address: aleksandra.walczak@phys.ens.fr. ^[6]

关键词 HLA prediction Restricted Boltzmann Machines SARS-CoV-2 epitopes antigen presentation immunopeptidomics machine learning neoantigen discovery

主题词算法(Algorithms);等位基因(Alleles);抗原呈递(Antigen Presentation);计算生物学(Computational Biology);数据库, 蛋白质(Databases, Protein);表位(Epitopes);HLA抗原(HLA Antigens);组织相容性抗原Ⅰ类(Histocompatibility Antigens Class I);人类(Humans);主要组织相容性复合物(Major Histocompatibility Complex);质谱分析法(Mass Spectrometry);模型, 理论(Models, Theoretical);肽类(Peptides);蛋白质结合(Protein Binding)

DOI 10.1016/j.cels.2020.11.005

PMID 33338400

发布时间 2021-03-04

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Cell systems

2021年12卷2期

195-202.e9页

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