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首页> BMC microbiology> WeFaceNano: a user-friendly pipeline for complete ONT sequence assembly and detection of antibiotic resistance in multi-plasmid bacterial isolates.

WeFaceNano: a user-friendly pipeline for complete ONT sequence assembly and detection of antibiotic resistance in multi-plasmid bacterial isolates.

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作者： Astrid P,Heikema ^[1] ; Rick,Jansen ^[2] ; Saskia D,Hiltemann ^[2] ; John P,Hays ^[3] ; Andrew P,Stubbs ^[2]

作者单位： Department of Medical Microbiology and Infectious Diseases, Erasmus University Medical Center (Erasmus MC), Rotterdam, the Netherlands. a.heikema@erasmusmc.nl. ^[1] Department of Pathology, Clinical Bioinformatics Unit, Erasmus University Medical Center (Erasmus MC), Rotterdam, The Netherlands. ^[2] Department of Medical Microbiology and Infectious Diseases, Erasmus University Medical Center (Erasmus MC), Rotterdam, the Netherlands. ^[3]

关键词 Anti-microbial resistance genes Flye Incompatibility factors MinIon Oxford Nanopore technologies Plasmid assembly workflow

主题词细菌(Bacteria);细菌蛋白质类(Bacterial Proteins);计算生物学(Computational Biology);抗药性, 细菌(Drug Resistance, Bacterial);高通量核苷酸序列分析(High-Throughput Nucleotide Sequencing);分子序列注释(Molecular Sequence Annotation);质粒(Plasmids);软件(Software)

DOI 10.1186/s12866-021-02225-y

PMID 34098864

发布时间 2021-12-14

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BMC microbiology

BMC microbiology

2021年21卷1期

171页

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