DECONbench: a benchmarking platform dedicated to deconvolution methods for tumor heterogeneity quantification.

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作者： Clémentine,Decamps ^[1] ; Alexis,Arnaud ^[2] ; Florent,Petitprez ^[3] ; Mira,Ayadi ^[3] ; Aurélia,Baurès ^[3] ; Lucile,Armenoult ^[3] ; HADACA consortium ^[4] ; Sergio,Escalera ^[5] ; Isabelle,Guyon ^[3] ; Rémy,Nicolle ^[6] ; Richard,Tomasini ^[3] ; Aurélien,de Reyniès ^[7] ; Jérôme,Cros ^[8] ; Yuna,Blum ^[9] ; Magali,Richard ^[10]

作者单位： Laboratory TIMC-IMAG, UMR 5525, CNRS, Univ. Grenoble Alpes, Grenoble, France. ^[1] Data Institute, Univ. Grenoble Alpes, Grenoble, France. ^[2] Programme Cartes d'Identité des Tumeurs (CIT), Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France. ^[3] Universitat de Barcelona and Computer Vision Center, Barcelona, Spain. ^[4] LISN (INRIA/CNRS), Université Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette, France. ^[5] INSERM U1068 CRCM, Marseille, France. ^[6] Dpt of Pathology, Beaujon Hospital, Univ. Paris-INSERM U1149, Clichy, France. ^[7] Programme Cartes d'Identité des Tumeurs (CIT), Ligue Nationale Contre le Cancer, Paris, France. yuna.blum@univ-rennes1.fr. ^[8] IGDR UMR 6290, CNRS, Université de Rennes 1, Rennes, France. yuna.blum@univ-rennes1.fr. ^[9] Laboratory TIMC-IMAG, UMR 5525, CNRS, Univ. Grenoble Alpes, Grenoble, France. magali.richard@univ-grenoble-alpes.fr. ^[10]

关键词 Benchmarking platform Cancer Cellular heterogeneity DNA methylation Deconvolution Omics integration Transcriptome

主题词腺癌(Adenocarcinoma);算法(Algorithms);规范(Benchmarking);计算生物学(Computational Biology);人类(Humans);胰腺肿瘤(Pancreatic Neoplasms)

DOI 10.1186/s12859-021-04381-4

PMID 34600479

发布时间 2021-10-08

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