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首页> GigaScience> V-pipe 3.0: a sustainable pipeline for within-sample viral genetic diversity estimation.

V-pipe 3.0: a sustainable pipeline for within-sample viral genetic diversity estimation.

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第一作者： Lara,Fuhrmann
第一单位： Department of Biosystems Science and Engineering, ETH Zurich, Basel 4056, Switzerland.;SIB Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne 1015, Switzerland.
作者： Lara,Fuhrmann [1] ; Kim Philipp,Jablonski [1] ; Ivan,Topolsky [1] ; Aashil A,Batavia [1] ; Nico,Borgsmüller [1] ; Pelin Icer,Baykal [1] ; Matteo,Carrara [2] ; Chaoran,Chen [1] ; Arthur,Dondi [1] ; Monica,Dragan [1] ; David,Dreifuss [1] ; Anika,John [1] ; Benjamin,Langer [3] ; Michal,Okoniewski [4] ; Louis,du Plessis [1] ; Uwe,Schmitt [4] ; Franziska,Singer [5] ; Tanja,Stadler [1] ; Niko,Beerenwinkel [1]
作者单位： Department of Biosystems Science and Engineering, ETH Zurich, Basel 4056, Switzerland.;SIB Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne 1015, Switzerland. [1] SIB Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne 1015, Switzerland.;NEXUS Personalized Health Technologies, ETH Zurich, Basel 4058, Switzerland. [2] Department of Biosystems Science and Engineering, ETH Zurich, Basel 4056, Switzerland. [3] Scientific IT Services, ETH Zurich, Zurich 8092, Switzerland. [4] NEXUS Personalized Health Technologies, ETH Zurich, Basel 4058, Switzerland. [5]
关键词 NGS data processingbenchmarkglobal haplotype reconstructionnext-generation sequencingsustainable data analysis workflowviral genetic diversity
医学主题词 遗传变异(Genetic Variation);基因组, 病毒(Genome, Viral);高通量核苷酸序列分析(High-Throughput Nucleotide Sequencing);软件(Software);计算生物学(Computational Biology);基因组学(Genomics);病毒(Viruses);人类(Humans)
DOI 10.1093/gigascience/giae065
PMID 39347649
发布时间 2024-11-18
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