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首页> BMC bioinformatics> Direct construction of sparse suffix arrays with Libsais.

Direct construction of sparse suffix arrays with Libsais.

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第一作者： Simon,Van de Vyver
第一单位： Department of Mathematics, Computer Science and Statistics, Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, 9000, Belgium.
作者： Simon,Van de Vyver [1] ; Tibo Vande,Moortele [1] ; Peter,Dawyndt [1] ; Bart,Mesuere [2] ; Pieter,Verschaffelt [3]
作者单位： Department of Mathematics, Computer Science and Statistics, Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, 9000, Belgium. [1] Department of Mathematics, Computer Science and Statistics, Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, 9000, Belgium. unipept@ugent.be. [2] Department of Mathematics, Computer Science and Statistics, Faculty of Sciences, Ghent University, Ghent, 9000, Belgium.;Department of Biomolecular Medicine, Faculty of Medicine and Health Sciences, Ghent University, Ghent, 9052, Belgium.;VIB-UGent Center for Medical Biotechnology, VIB, Ghent, 9052, Belgium. [3]
关键词 BioinformaticsBit-packingC programming languageLibsaisMemory-efficient text indexingPattern matchingSparse suffix array constructionString matchingText encoding
医学主题词 计算生物学(Computational Biology);算法(Algorithms);软件(Software)
DOI 10.1186/s12859-025-06277-z
PMID 41107764
发布时间 2025-10-20
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BMC bioinformatics

BMC bioinformatics

2025年26卷1期

252页

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