四名健康志愿者外周血总RNA辐射敏感分子的筛选
Screening for radiation-responsive molecules in blood RNA from four healthy volunteers
摘要目的:筛选不同剂量60Co γ射线照射后人外周血中差异表达的关键基因,为辐射损伤筛选新的生物标志物.方法:采用60Co γ射线对4名健康成人志愿者外周血分别进行不同剂量(0、2、4、6和8 Gy)的照射.在照射后收集各组全血,提取总RNA,并进行RNA高通量测序(RNA-seq),随后利用生物信息学方法对测序数据进行分析.使用R语言软件筛选各组间的差异表达基因,并获得共同差异基因集.进一步通过Metascape平台对共同差异基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析.利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并通过Cytoscape软件筛选关键基因.结果:测序数据分析结果显示,γ射线照射后人外周血共筛选出281个共同差异基因,包括89个lncRNAs和192个mRNAs.共同差异基因GO富集主要包括淋巴细胞活化、免疫效应过程的正向调控、炎症反应、细胞组分大小的调控等;KEGG通路富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、病毒致癌通路、Th17细胞分化、核糖体通路、T细胞受体信号通路、血小板活化通路和细胞间黏着连接通路;蛋白相互作用网络筛选得到10个关键基因 CD80、CD40、IL2RA、CCR7、NFKB1、TP53、IL21R、STAT6、PDCD1、SLAMF1.结论:本次筛选的 10个关键基因是潜在的辐射损伤生物标志物.
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