一株弗氏柠檬酸杆菌噬菌体IME-CF2的分离、测序及全基因组分析

Isolation, sequencing and complete genome sequence analysis of bacteriophage IME-CF2 infecting Citrobacter freundii

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摘要目的从医院污水中分离一株能裂解弗氏柠檬酸杆菌的噬菌体,观察其形态,并进行全基因组测序和全基因组分析,为治疗和控制弗氏柠檬酸杆菌感染提供基础.方法以弗氏柠檬酸杆菌为宿主,从医院污水分离噬菌体,用透射电镜观察其形态;使用Ion Torrent测序平台进行噬菌体全基因组测序,测序后进行噬菌体全基因组序列组装、注释、进化分析和比较分析.结果成功分离一株弗氏柠檬酸杆菌噬菌体,命名为IME-CF2;电镜观察显示,该噬菌体具有二十面体的头部,形态类似肌尾噬菌体科;IME-CF2核酸类型为DNA,基因组全长为177 685 bp,GC含量为43.2％;编码267个编码区(CDS),2个tRNA;进化分析表明,IME-CF2属于T4类噬菌体,全基因组比较分析表明,IME-CF2与柠檬酸杆菌噬菌体Miller同源性最高.结论分离鉴定了一株弗氏柠檬酸杆菌噬菌体,进行了全基因组测序和分析,为噬菌体治疗多重耐药细菌奠定了基础.