人肝细胞癌中HNF4α近端启动子区生物信息学分析

Bioinformatics analysis of the promoter region of HNF4α gene in human hepatocellular carcinoma

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摘要目的应用生物信息学数据库挖掘数据,预测分析肝细胞癌发生发展过程中抑癌基因肝核转录因子4α(HNF4α)表达下调的转录调控机制.方法从美国国家生物技术信息中心在线核苷酸数据库获得HNF4α基因的启动子序列;应用PromotorScan、Patch、P-Match、AliBaba2等在线转录因子预测软件分析HNF4α转录因子结合位点;应用在线肝脏基因数据库liveratlas筛查肝癌组织中表达下调的基因,与预测的转录因子进行对比.通过TCGA数据库提取相关转录因子与HNF4α的肝癌组织芯片表达结果,进行相关性分析.结果人HNF4α基因在肝癌中对应转录本的启动子约1471 bp.应用PromotorScan、Patch、P-Match和AliBaba2等在线软件分析,预测转录因子结合位点结果汇总后去除重复,共涵盖225个转录因子.应用在线基因数据库liveratlas检索,提取肝细胞癌中表达下调的基因共2 538个,与上述预测的225个转录因子进行对比,取交集获得目标转录因子共17个.相关性分析提示HLF(r =0.553 4)、RREB1(r=0.407 9)、RXRA(r=0.424 7)等转录因子与HNF4α的表达成正相关.结论生物信息学分析提示HLF、RREB1、RXRA等转录因子参与HNF4α在肝脏中表达的转录调控,其中一个或多个蛋白的低表达与肝细胞癌发生发展中抑癌基因HNF4α的表达下调有关.