换一批巨噬细胞中与原肌球蛋白调节蛋白1相互作用的迁移相关蛋白质分析
The analysis of TMOD1 interacting proteins associated with macrophage migration
摘要目的 利用质谱联合GeneCards数据库挖掘分析Raw264.7小鼠单核巨噬细胞系中与原肌球蛋白调节蛋白1(TMOD1)相互作用且与迁移相关的蛋白质.方法 使用TMOD1-DDK质粒在Raw264.7细胞中过表达TMOD1,免疫共沉淀联合质谱寻找巨噬细胞中与TMOD1存在相互作用的蛋白质,GeneCards数据库检索巨噬细胞迁移已知蛋白质,Bioinformatics&Systems Biology在线工具对已知蛋白质与质谱蛋白质进行关联分析找到共同差异蛋白(CO-DEPs),WoLF PSORT预测CO-DEPs亚细胞定位,EggNOG数据库对CO-DEPs进行真核生物同源类群(KOG)注释,DAVID数据库对CO-DEPs进行基因本体(GO)注释与京都基因组学和基因组学百科全书(KEGG)通路注释,String数据库对CO-DEPs进行蛋白互作网络分析、CytoScape软件绘图.结果 质谱与GeneCards数据库分析共获得CO-DEPs 41个,CO-DEPs亚细胞定位主要分布于细胞骨架、细胞质、细胞核,KOG注释主要为O:翻译后修饰、Z:细胞骨架、J:翻译,GO分析显示CO-DEPs主要参与了poly(A)RNA结合、蛋白质折叠、黏着斑等过程,KEGG分析显示CO-DEPs富集到的通路主要为致心律失常性右心室心肌病(ARVC)、紧密连接.β-肌动蛋白(ACTB)为蛋白交互作用最大的蛋白质.结论 巨噬细胞内与TMOD1发生相互作用的蛋白主要包括肌球蛋白重链-9(MYH9)、α-辅肌动蛋白1(ACTN1)与ACTB等,提示TMOD1与巨噬细胞运动有关.
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分类号
R33（人体生理学）
栏目名称
DOI
10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2022.12.007
发布时间
2023-03-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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