唐氏综合征胎儿羊水外泌体与胎盘差异miRNA的联合分析
Combined analysis of differential miRNAs between amniotic fluid exosomes and placenta in Down syndrome fetuses
摘要目的 分析唐氏综合征(DS)胎儿羊水外泌体miRNA差异表达谱,为寻找新的DS产前诊断标志物提供依据.方法 收集DS胎儿和染色体正常胎儿羊水,分别提取羊水外泌体进行高通量测序.筛选出差异表达miRNA,使用Targetscan、mi-Randa进行靶基因预测,筛选出定位在21号染色体上的靶基因,用GeneCards、HGNC、NCBI Gene、UniProtKB/Swiss-Prot、Ensem-bl、OMIM等数据库查询靶基因相关的生物学功能及相关疾病等.对富集基因的生物学功能进行GO、KEGG分析.结果 共检出59个差异表达的miRNA,其中31个上调,28个下调.以P<0.05为条件对测序结果进行筛选,在变化倍数大于2的差异miRNA中,根据表达丰度从高到低分别筛选出10个上调miRNA,9个下调miRNA.hsa-let-7b-5p、hsa-let-7c-5p、hsa-let-7b-3p_1ss22CT和hsa-miR-199b-5p是其中的焦点miRNA,BACH1和IFNAR1是它们的交集靶基因.GO分析发现,富集的靶基因主要功能与蛋白质结合、金属离子结合、转移酶活性、DNA结合、RNA聚合酶Ⅱ对转录调控、核苷酸结合等相关.KEGG富集分析结果表明,靶基因主要参与的信号通路包括代谢通路、肿瘤相关通路、PI3K-Akt信号通路、Rap1信号通路等.结论 DS胎儿羊水外泌体miRNA表达与正常核型胎儿存在差异.联合DS胎盘miRNA分析,发现hsa-miR-199b-5p是DS羊水与胎盘共同存在的差异 miRNA.推测 hsa-miR-199b-5p 与 hsa-let-7b-5p、hsa-let-7c-5p、hsa-let-7b-3p_1ss22CT共同的靶基因BACH1和IFNAR1可能参与了DS的病理过程.
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