基于GEO数据库对急性胰腺炎差异表达基因的分析及验证
Analysis and verification of differentially expressed genes in acute pancreatitis based on GEO database
摘要目的 基于基因表达综合数据库(GEO)分析急性胰腺炎(AP)病人基因表达差异,并进行验证.方法 2023年9-12月从GEO数据库下载基因表达综合系列(GSE)24279基因数据,使用Bioconductor中的Limma包筛选差异表达基因(DEGs);使用Metascape及String在线工具对差异表达基因进行功能富集分析,并使用Cytoscape软件构建AP相关基因及其靶标微小核糖核酸(miRNA)的调控网络图,最后使用反转录-聚合酶链式扩增技术(RT-PCR)进行进一步验证.结果 从GEO数据库中共获取53个DEGs,其中14个上调和39个下调;并确定了290个DEGs的靶基因,在靶基因中279个基因是AP相关基因,同时又被调控网络中的37个miRNA靶向.其中人微小核糖核酸(hsa-miR)-15a、hsa-miR-16、hsa-miR-155、hsa-miR-375和hsa-miR-429可能通过靶向调控网络中的基因参与AP的发生发展过程中,且hsa-miR-15a、hsa-miR-16及hsa-miR-429靶向细胞周期素D1(CCND1),hsa-miR-155靶向CCND1和Smad同源物2(SMAD2),hsa-miR-375靶向丝氨酸/苏氨酸激酶2(AKT2)和周期素依赖性激酶6(CDK6);RT-PCR结果显示,AP病人hsa-miR-15a、hsa-miR-16基因表达水平(1.49±0.35、1.01±0.20)高于健康体检者(1.12±0.24、0.80±0.26)(P<0.05),hsa-miR-429基因表达水平0.90±0.23低于健康体检者1.20±0.32(P<0.05).结论 AP中DEGs与疾病的发生进展相关,富集分析和关键基因筛选为更深入研究AP的发病机制和治疗靶点提供方向.
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