换一批草莓短日型和日中型品种全基因组重测序变异比较研究
Comparative study of genomic variations by whole genome resequencing in short-day and day-neutral strawberry cultivars
摘要为解析草莓连续开花能力的分子遗传机制,并为分子育种提供理论依据,选取章姬、雪里香、香野3个短日型品种及波特拉、阿尔比、圣安德瑞斯3个日中型品种,利用Illumina平台重测序并比对森林草莓参考基因组,进行基因组变异特征比较分析.结果显示,日中型品种变异总数高于短日型,4号染色体变异密度尤为突出.小片段插入缺失(InDel)分析表明,日中型品种的插入缺失总数更多,编码区37.21%的InDel引发移码突变,可能影响蛋白功能.结构变异(SV)检测发现,日中型品种外显子区SV比例达25.46%,高于短日型.功能富集分析显示,差异变异基因显著富集于植物激素信号转导、昼夜节律及次生代谢产物生物合成等通路.GO分类显示这些基因多参与代谢过程、催化活性及膜系统功能.研究筛选出18个昼夜节律相关基因(如GIGANTEA、光敏色素B、早花蛋白3等),其中在日中型品种中存在非同义单核苷酸多态性(SNP)或移码InDel变异,且在"植物-环境互作"及"生物节律"通路中显著富集.在基因组层面证实,日中型草莓通过积累关键基因的结构变异,改变光周期信号传导通路以获得连续开花能力,为解析草莓开花时间变异的分子机制提供了新视角,并为分子标记辅助育种提供理论支撑.
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关键词
草莓全基因组重测序开花习性单核苷酸多态性小片段插入缺失结构变异,光周期调控strawberrywhole genome resequencingflowering habitsingle nucleotide polymorphism(SNP)in-sertion-deletion(InDel)structural variation(SV)photoperiod regulation
分类号
S663.9
栏目名称
DOI
10.14188/j.ajsh.20260307001
发布时间
2026-06-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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