换一批摘要叶绿体基因组在基因水平上高度保守,并且遵循单亲遗传及单倍体遗传,已被广泛应用于物种鉴定和系统发育分析.栝楼属为葫芦科的一个重要属,具有极其重要的药用价值及经济价值,但种内关系不清.本文利用生物信息学及比较基因组学的方法,分析了11种栝楼的叶绿体基因组大小、结构、组成、重复序列、密码子偏性、边界扩张、正向选择、基因组共线性、核苷酸变异位点及系统发育等.结果显示,11种栝楼的叶绿体基因组都具有典型的四联体结构,长度为156 413 bp～157 556 bp,GCs含量为37％,较为保守.重复序列在LSC区域分布较多,密码子偏好性不强,没有明显的边界扩张或收缩,但是某些栝楼属植物叶绿体基因组存在序列重排,其中三种栝楼还受到环境的正向选择.同时,序列重排将11种栝楼分为两个主要分支,其中第一分支的演化与环境的正向选择密切相关.栝楼属物种核酸多态性位点多分布在SSC区域,系统发育分析表明栝楼属与油渣果属、丝瓜属及藏瓜属亲缘关系较近.本研究为栝楼属物种的分类及演化提供了分类依据,同时为编制栝楼属物种DNA条码提供了候选标记.
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关键词
栝楼属叶绿体基因组序列重排核酸多态性系统进化Trichosantheschloroplast genomesequence rearrangementnucleic acid polymorphismsystem evolution
分类号
Q941（植物演化与植物发展）
栏目名称
DOI
10.13757/j.cnki.cn34-1328/n.2023.02.015
发布时间
2023-08-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
安徽省教育厅高校科学研究项目（KJ2018A0356）
杂交水稻国家重点实验室(武汉大学)开放基金（KF202204）
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