换一批
换一批摘要目的:基于转录组测序和生物信息学分析对(APOBEC)亚家族(APOBEC3G A3G)参与抑制乙型肝炎病毒(HBV)复制的潜在分子机制及下游信号通路预测.方法:将A3G与HBV的表达质粒(A3G组)、GFP与HBV的表达质粒(HBV组)以及空载质粒(Vector组)分别转染于Huh7细胞中,3 d后收集细胞并提取RNA进行转录组测序,检测样本中mRNA的表达情况.采用DESeq软件对基因的表达水平进行差异分析筛选出差异表达基因,通过对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,确定差异基因行使的主要功能和参与的通路,同时依据STRING数据库进行蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)分析,构建蛋白互作网络,以寻找目的基因之间的相互关系及关键节点蛋白.结果:A3G组和HBV组相比,筛选出21个显著差异基因;GO富集分析显示的项目包括脂蛋白B mRNA编辑酶复合物的形成、EH结构域的结合、中胚层细胞命运规范的BMP信号传导途径等;KEGG通路富集分析显示可能与内吞作用和坏死相关;PPI网络发现了 NOXA1、LSM10、RNF103-CHMP3等5个关键蛋白及其互作蛋白.HBV组和Vector组相比,筛选出 42个显著差异基因;GO富集分析显示的项目包括离子通道活性、多种酶活性和膜成分等相关;KEGG通路富集分析显示与多种物质的代谢反应和p53信号传导等相关;PPI网络发现了 UBD、CCND3、RHOD等15个关键蛋白及其互作蛋白.结论:通过转录组测序和生物信息学分析,探究A3G抑制HBV复制的潜在下游分子,丰富了 A3G抑制HBV复制的机制研究.
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关键词
乙型肝炎病毒载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白转录组测序生物信息学分析hepatitis B virusapolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic polypeptide liketranscriptome sequencingbioinformatics analysis
分类号
R373.21
栏目名称
基础医学
DOI
10.13898/j.cnki.issn.1000-2200.2024.11.001
发布时间
2024-12-30
基金项目
国家自然科学基金
辽宁省沈阳市中青年科技创新人才支持计划项目
辽宁省教育厅科学研究经费项目
辽宁省科学技术计划面上项目
沈阳医学院硕士研究生科技创新基金项目
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