换一批猪流行性腹泻病毒感染PK-15细胞miRNA的差异表达分析
MicroRNA Expression Profiles of Porcine Kidney 15 Cell Line Infected with Porcine Epidemic Diahorrea Virus
摘要为研究猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diahorrea virus,PEDV)对猪肾传代细胞PK-15 miRNA表达谱的影响,将PEDV感染PK-15细胞后,提取总RNA,进行高通量测序,构建感染与未感染PEDV的PK-15细胞的miRNA表达谱,并进行差异性分析,对表达差异显著的miRNA进行heatmap聚类分析及GO (Gene ontology,GO)分子功能(Molecular function,MF)分析,选取10个显著性差异表达的miRNA通过RT-qPCR进行了验证.结果发现,显著性差异表达的miRNA有214个,其中175个miRNA表达上调,39个miRNA表达下调.Heatmap聚类分析表明,病毒组绝大部分差异表达的miRNA较对照组表达量上调,少部分下调.GO分析表明,miRNA广泛参与结合、蛋白结合、蛋白激酶活性、转移酶活性、含磷基团转移、磷酸转移酶活性等生物作用.RT-qPCR验证的各miRNA的表达趋势与高通量测序结果一致.结果表明,猪流行性腹泻病毒感染对PK-15细胞编码的miRNA表达水平有显著影响,从而对进一步研究治疗PEDV的miRNA制剂提供新思路.
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关键词
猪流行性腹泻病毒miRNA表达谱PK-15细胞Porcine epidemic diarrhea virusMicroRNA expression profilesPorcine kidney 15 cell line
分类号
S852.65
栏目名称
发布时间
2016-08-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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