摘要为阐明我国全人群急性呼吸道感染(Acute respiratory infection,ARI)病例中人冠状病毒229E(Human coronavirus 229E,HCoV-229E)感染情况及病毒基因特征,本研究对2009-2021年间中国十一省份15,335例ARI监测病例中HCoV-229E核酸阳性病例进行描述性流行病学分析,同时对HCoV-229E阳性病例的临床标本进行S基因扩增和测序,阳性序列用于病毒系统发育和进化分析.本研究中共检测出316例HCoV阳性病例,其中38例为HCoV-229E阳性.HCoV-229E检出率在不同季节中差异无统计学意义(x2=2.345,P=0.504);男性检出率高于女性(x2=4.546,P＜0.05);不同年龄组中,除了 5～17岁青少年组未检测到HCoV-229E,其他年龄组间HCoV-229E检出率差异无统计学意义(x2=1.927,P=0.588).在38例HCoV-229E阳性病例中有23例(60.53％)为混合感染病例,和HCoV-229E单一感染病例相比,包括肺炎病例在内的下呼吸道感染病例在混合感染病例中比例增高.本研究共获得9条2019-2021年HCoV-229E刺突蛋白(Spike protein,S)基因序列,结合从GenBank中下载的90条HCoV-229E S基因代表性序列共同构建系统发育树.结果表明,全球HCoV-229E序列可划分为Genogroup 1～6共6个组,具有明显的时间聚集性.Genogroup 6是目前全球流行的主要优势谱系,位于HCoV-229E系统发育树的末端.本研究所获得的9条HCoV-229E序列均隶属于Genogroup 6,但位于不同分支.S基因分子进化速率约为7.32 ×10-4替换/位点/年,S蛋白处于负向选择压力下(ω＜1),但仍有个别正向选择位点存在,S蛋白多个位点上发生氨基酸突变和N-糖基化位点突变,其中部分突变发生在S蛋白受体结合结构域的3个受体结合环中.本研究通过开展中国大陆部分地区ARI病例中HCoV-229E感染情况和病毒基因特征分析,阐述了我国HCoV-229E流行病学特征和病毒分子进化特点,为我国HCoV-229E感染的控制与预防提供基线数据.