摘要为了解2019-2023年青海省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原构成以及柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)和肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)的基因特征,本研究对青海省2019-2023年实验室确诊的2028名HFMD病例的核酸检测结果进行统计分析,利用RT-PCR方法对CVA16和EV-A71病毒毒株扩增VP1编码区并进行基因序列测定,使用MEGA、BioEdit等软件对CVA16和EV-A71进行分型与进化关系分析.结果发现,2021年开始,青海省HFMD病原构成的优势血清型别由CVA16和EV-A71转变成其他肠道病毒,在每年检出的病原体中占比均超过50.0％.对2019-2023年全省上送的CVA16及EV-A71阳性标本进行病毒分离,共收获122株CVA16毒株和36株EV-A71毒株.122株CVA16毒株均属于B1基因亚型,其中B1b亚型100株,B1a亚型22株.B1b亚型毒株VP1区的核苷酸同源性为92.8％～100％,氨基酸同源性为97.9％～100％,B1a亚型毒株VP1区的核苷酸同源性为95.9％～100％,氨基酸同源性为97.9％～100％.36株EV-A71分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支,VP1区核苷酸序列同源性为95.8％～100％,氨基酸序列同源性为97.6％～100％.氨基酸置换熵值分析发现,2019-2023年青海省CVA16分离株的VP1编码区无易突变氨基酸位点;EV-A71分离株的VP1编码区存在3个高度可变的氨基酸位点为VP1-164、VP1-241和VP1-262.VP1-164位点在2021年出现N突变,并在2023年取代D成为此位点优势氨基酸;VP1-241位点上,2020年开始出现T突变,并在2021年取代S成为优势突变(94.12％),2023年此位点又完全替换为S;VP1-262位点上,2020年开始I取代V成为此位点优势氨基酸(94.12％),2023年此位点又完全替换为V.本研究揭示了 2019-2023年青海省HFMD病原谱的变化情况,探究了 CVA16和EV-A71的分子遗传进化特征,为青海地区制定HFMD的预防控制策略提供了理论依据.