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    首页 > 北京生物医学工程 > 微生物分类单元聚类算法比较研究

    微生物分类单元聚类算法比较研究

    Comparison of the clustering algorithms based on operational taxonomic units

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    摘要目的 随着高通量测序技术的发展,产生了大量的微生物16S rRNA基因序列数据.对该数据进行精确的微生物操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,有助于了解环境中微生物的种群组成及分布.方法 本文在真实数据集与模拟数据集上,对现有的7种流行OTU单元聚类算法进行了对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围.结果 序列长度、测序深度对聚类结果均有影响.结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,其中CROP算法的鲁棒性和抗噪性较好.

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    作者 周晨 [1] 张绍武 [1] 陈伟 [1] 学术成果认领
    作者单位 西北工业大学自动化学院 西安710072 [1]
    关键词 聚类操作分类单元16S rRNA基因微生物clusteroperational taxonomic unit16 S rRNA genemicrobe
    主题词 算法(Algorithms)基因(Genes)研究(Research)性(Sex)数据集(Dataset)
    分类号 R318
    栏目名称 论著
    DOI 10.3969/j.issn.1002-3208.2014.06.07
    发布时间 2015-01-30
    基金项目
    国家自然科学基金
    • 浏览243
    • 被引21
    • 下载12
    北京生物医学工程

    北京生物医学工程

    2014年33卷6期

    591-597页

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