基于生物信息学分析识别慢性萎缩性胃炎癌变的关键基因及中医药治疗规律
Bioinformatics-based analysis of key genes in the carcinogenesis of chronic atrophic gastritis and patterns of traditional Chinese medicine treatment
摘要目的 通过生物信息学分析识别慢性萎缩性胃炎(chronic atrophic gastritis,CAG)癌变过程中的关键基因及信号通路,基于多数据库文献分析与中药复方数据挖掘,明确中医药治疗CAG的用药规律及其潜在机制.方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取GSE116312 数据集,识别并挖掘CAG-胃癌(gastric cancer,GC)、CAG-滤泡性胃炎(follicular gastritis,FG)和FG-GC之间共有的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,识别枢纽基因,使用 EnrichR、ShinyGO 等工具进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能富集分析.系统检索PubMed、Embase等7 个数据库中符合条件的文献,Meta分析评估中药联合西药对比单纯西药治疗的疗效,通过关联规则分析和贝叶斯网络模型挖掘核心中药及其配伍模式.结果 共筛选出17 个CAG癌变相关的共有DEGs,MCM7、CDC6、CDC45、MCM2、MCM4、CDK1、MCM3、CDK2、PCNA和RFC4 为PPI网络的前 10 个枢纽基因,显著富集于DNA复制、细胞周期调控、G1/S期转换等生物学过程,以及P53 信号通路、错配修复等癌症相关通路.临床Meta分析共纳入 12项随机对照试验,中药复方联合西药治疗可显著提高临床有效率(合并相对危险度=4.87,95%置信区间为 3.24~7.30,P<0.001),异质性低(I2=0%).中药配伍规律挖掘识别出党参、白芍、茯苓、黄连、半夏、陈皮、丹参7 味核心中药,"党参-白术"为最高频药对.结论 MCM7、CDC6 等枢纽基因可作为CAG癌变早期筛查的潜在生物标志物,临床Meta分析证实中药复方联合西药在CAG治疗中具有显著优势,配伍规律挖掘为核心复方制剂的开发提供了药物组合与理论支持.
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