换一批
换一批摘要目的 针对大规模16S rRNA基因序列聚类问题,对目前一些常见的OTUs划分算法,从不同数据集及多种评价指标方面进行比较研究.方法 在模拟数据集与真实数据集上,对现有12种经典OTUs划分算法进行了定量对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围.结果 对于同一个方法,不同数据集对聚类结果有影响.结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,只有少数方法(如CD-HIT,USEARCH,VSEARCH和DBH)可以处理大数据及长序列数据.
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分类号
R318
DOI
10.13467/j.cnki.jbuns.2022.01.013
发布时间
2022-05-05
基金项目
陕西省自然科学基础研究计划一般项目（2021JQ-811）；
陕西省教育厅专项科学研究计划项目（21JK0486）
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