中国人群非综合征型唇裂伴或不伴腭裂的单核苷酸多态性遗传度

Single nucleotide polymorphism heritability of non-syndromic cleft lip with or without cleft palate in Chinese population

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摘要目的:探索非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)全基因组常见遗传变异对NSCL/P风险的影响.方法:利用全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据,以全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)遗传度和基因组不同分区SNP遗传度评估基因组上常见变异的效应.对GWAS汇总数据进行质量控制,标准包括数据中无缺失值、弱势等位基因频率≥1％、P值在0～1、SNP正负链明确等.利用连锁不平衡得分回归计算NSCL/P的SNP遗传度,采用分层的连锁不平衡得分回归计算基因组编码区、启动子区、内含子区、增强子区和超级增强子区的分区SNP遗传度,并评估不同分区内的富集度,分析工具为LDSC(v1.0.1)软件.结果:纳入中国人群806个NSCL/P核心家系(2 418人)的GWAS数据,490 593个SNP通过质量控制,被纳入到SNP遗传度的计算中.观测样本中NSCL/P的SNP遗传度为0.55(95％CI:0.28-0.82),由于观测样本患病率较高,按中国人群患病率转换为一般人群后SNP遗传度为0.37(95％CI:0.19～0.55).SNP遗传度在增强子区的富集度为15.70(P=0.04),在超级增强子区的富集度为3.18(P=0.03).结论:基因组常见变异有助于解释一部分中国人群NSCL/P目前未被解释的遗传度,同时中国人群NSCL/P的SNP遗传度在增强子分区和超级增强子分区中显著富集,提示该区域中可能存在未被发现的遗传致病因素.