基于泛基因组学和消减蛋白质组学技术筛选金黄色葡萄球菌新型抗菌靶点及其药物的分子对接分析

Molecular docking analysis on screening of novel antibacterial targets and their drugs of Staphylococcus aureus based on pan-genomics and subtractive proteomics techniques

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摘要目的:应用泛基因组学和消减蛋白质组学技术从金黄色葡萄球菌基因组中筛选新抗菌靶点,为抗金黄色葡萄球菌药物的研发奠定基础.方法:在美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中以金黄色葡萄球菌为关键词检索全基因组测序数据,收集50个测序级别为Complete的菌株基因组数据.采用BPGA工具对基因组数据进行泛基因组分析获得金黄色葡萄球菌核心基因,采用消减蛋白质组学技术从中筛选获得潜在抗菌靶点,以潜在抗菌靶点为受体,采用LibDock软件从美国食品药品监督管理局(FDA)批准的药物库中筛选潜在的抗金黄色葡萄球菌药物,并采用分子对接技术分析药物和靶点的结合能力.结果:50个金黄色葡萄球菌基因组中共有14 379个基因家族,其中1 620个为核心基因.消减蛋白质组学分析,酪氨酸自激酶1335为潜在的抗金黄色葡萄球菌靶点.采用LibDock软件筛选出巴龙霉素、替诺福韦二吡呋酯和阿德福韦等9个化合物可能针对该靶点蛋白发挥抗金黄色葡萄球菌作用,分子对接结果显示靶点与化合物结合力良好.结论:酪氨酸自激酶可能是一种抗金黄色葡萄球菌潜在的靶点.