基于慢性阻塞性肺疾病潜在治疗靶点的孟德尔随机化和GEO数据库识别分析
Mendelian randomization and GEO database identification analysis based on potential therapeutic targets for chronic obstructive pulmonary disease
摘要目的:通过使用微阵列数据集和孟德尔随机化(MR)方法筛选慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者遗传、诊断及治疗的关键靶点,为COPD患者的临床诊疗提供依据.方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获得 4个COPD基因表达谱数据,采用R软件对数据进行整理和归一化处理,并筛选出差异表达基因(DEGs).MR分析COPD与相关表达数量性状位点(eQTL)的因果关系,再与DEGs取交集来确定潜在关键靶点.采用基因集合富集分析(GSEA)、基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析探讨关键靶点的功能作用和途径,外部数据集对其表达进行验证.结果:共筛选出1 571个DEGs,其中表达上调基因820个,表达下调基因 751个.MR分析最终筛选出 286个COPD相关基因,通过与DEGs取交集得出 3个上调基因,包括二酰甘油激酶γ(DGKG)、重肽神经丝蛋白(NEFH)和Fc受体样B(FCRLB);6个下调基因,包括金属还原酶 4(STEAP4)、含普列克底物蛋白家族F成员 2(PLEKHF2)、分化簇 3D(CD3D)、转胶蛋白2(TAGLN2)、三基序蛋白22(TRIM22)和核糖体蛋白L9(RPL9).生物学功能分析结果主要涉及铁输入细胞、氧化还原酶活性、原发性免疫缺陷症和辅助性T(Th)1及Th2细胞分化等途径.MR分析结果证实了上述靶点与COPD之间的因果关系.外部验证集分析,与健康对照组比较,COPD样本组中FCRLB基因表达水平升高(P<0.01),CD3D和RPL9基因表达水平降低(P<0.05或P<0.01),与MR分析结果一致,证明了本研究的可靠性.结论:DGKG、NEFH、FCRLB、STEAP4、PLEKHF2、CD3D、TAGLN2、TRIM22和RPL9COPD可能是COPD患者疾病发生发展过程中的重要调控因子及临床诊疗靶点.
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