换一批白三叶转录组SSR位点特征分析及引物开发
Analysis of SSR site characteristics of Trifolium repens transcriptome and primer development
摘要本研究旨在了解白三叶(Trifolium repens)SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料.对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建.结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24960个,出现频率为13.25％,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70％),其次为双碱基(28.26％)和单碱基重复(25.02％),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01％.A/T(24.85％)、AG/CT(16.48％)和AAG/CTT(8.89％)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4～21次,占总数量的98.11％;序列长度变化在12～35 bp,占总数的96.43％;根据SSR位点序列设计出18594对引物,占总SSR的74.50％;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7％和32.7％;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开.本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力.
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关键词
多态性引物指纹图谱碱基重复特征SSR序列特征转录组数据分子鉴定SSR引物设计polymorphic primersfingerprintbase repeat characteristicsSSR sequence featurestranscriptome sequencingmolecular identificationSSR primer design
栏目名称
DOI
10.11829/j.issn.1001-0629.2022-0841
发布时间
2023-11-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
动物胚胎
分子育种湖北重点实验室开放课题项目（KLAEMB-2022-04）
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