转录因子SP1靶向发育基因调控小鼠胚胎发育
Transcription factor SP1 regulates mouse embryonic development by targeting developmental genes
摘要目的:探究转录因子特异性蛋白1(specificity protein 1,SP1)对小鼠植入后胚胎发育的转录调控机制.方法:收集受精后第7.5天的小鼠植入后早期胚胎,利用胚层分离技术获取外胚层(ectoderm,Ect)、中胚层(mesoderm,Mes)、内胚层(endoderm,End)、原条(primitive streak,PS)与胚外外胚层(extraembryonic ectoderm,ExE)组织;采用染色质免疫共沉淀测序(chromatin immunoprecipitation-sequencing,ChIP-seq)检测SP1在基因组的分布情况;利用CRISPR/Cas9基因编辑结合受精卵电转核酸酶(zygote electroporation of nucleases,ZEN)技术制备Sp1敲除的胚胎;采用Smart-seq2检测胚胎的mRNA表达水平并分析对照组与Sp1敲除的胚胎中各胚层的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);采用基因本体(gene ontology,GO)富集分析对DEGs进行功能聚类;结合ChIP-seq和RNA-seq数据鉴定SP1调控各胚层发育的潜在下游基因.结果:SP1在各胚层中均有表达,其信号峰大量富集于基因启动子区,在基因主体与基因间区分布较少;敲除Sp1导致RNA表达变化的基因数目在Mes、ExE中较多,功能聚类显示其中表达下调的基因与器官发育、形态发生以及血管生成等生物学进程相关;进一步结合SP1的基因组分布,鉴定出SP1调节胚层发育的潜在关键靶基因,如Gbx2、Vim等.结论:SP1结合胚层特异性的发育基因启动子,可能通过调控其转录水平进而影响胚层分化.
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