换一批高通量测序分析miRNAs在胃癌新鲜组织与石蜡包埋组织中的表达
High throughput sequencing analysis of miRNAs expression in fresh gastric cancer tissues and paraffin embedded tissues
摘要目的 利用二代测序技术对FFPE标本进行高通量测序及相关的生物信息学分析,探讨miRNAs在来源于石蜡包埋胃癌组织(FFPE)中的标本检测的可靠性,探讨其临床意义.方法 选取2015年和2016年2例胃癌患者手术切除同一组织的FFPE和新鲜冰冻标本,从标本中提取RNA并分离构建small RNA文库,采用Illumina测序平台测序的方法对其进行高通量测序,统计各已知miRNAs家族序列的表达量,构建已知miRNAs表达谱,对标本miRNAs进行Spearman相关性分析,评估miR-NAs表达量的差异变化情况.结果 新鲜冰冻标本中提取的总RNA质量较高,RNA保存度完整,显示28S是18S的1.3～1.4倍,从石蜡组中提取的RNA,结果显示有不同程度的降解,28S和18S的波峰不明显,miRNAs表达谱在冰冻和FFPE标本中,Spearman相关系数分别为0.90争0.86,两者miRNAs表达量较一致,具有相关性.结论 FFPE中的miRNAs仍然保持一定的完整性,且可通过二代测序进行肿瘤标本检测.
更多相关知识
关键词
胃肿瘤miRNA甲醛固定石蜡包埋二代测序gastric neoplasmsmiRNAsformalin-fixed and paraffin-embeddednext generation sequencing
分类号
R35（人体生物物理学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1671-8348.2017.32.025
发布时间
2017-12-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
江西省卫生计生委科技项目（20175539）
江西省卫生计生委科技项目（20155389）
- 浏览223
- 被引1
- 下载56
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
