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基于加权基因共表达网络分析和机器学习筛选脓毒症免疫抑制特征基因及其靶向中药活性成分预测

Exploring signature gene and predicting the target active ingredients of TCM for immunosuppression in sepsis based on weighted gene co-expression network analysis and machine learning

摘要目的 本研究通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)和多种机器学习方法识别脓毒症免疫抑制特征基因,并预测其靶向中药活性成分.方法 从美国国家生物技术信息中心基因表达综合数据库中下载GSE182522 数据集,使用Bioconductor的"limma"软件包提取出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路和基因本体论(gene ontology,GO)富集分析,同时采用WGCNA,以及最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归、支持向量机递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination,SVM-RFE)、弹性网络回归分析 3 种机器学习法筛选出脓毒症免疫抑制特征基因.随后,构建受试者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC curve,简称ROC曲线)验证特征基因的诊断效能,并绘制箱线图展示特征基因的表达模式.选取SPF级BALB/c小鼠 39 只,采用随机数字表法将小鼠随机分为脓毒症免疫正常组(n=20)和脓毒症免疫抑制组(n=19).盲肠结扎穿孔术构建脓毒症小鼠模型,在术后12h取脓毒症免疫正常组小鼠的外周血,术后24 h取脓毒症免疫抑制组小鼠的外周血.采用逆转录定量聚合酶链反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测两组小鼠TRBV7-2 的表达情况,验证TRBV7-2 的诊断效能.最后,通过分子对接技术预测特征基因潜在靶点中药活性成分.结果 共筛选出 445 个DEGs,其中上调基因 173 个,下调基因 272 个.DEGs主要富集于氮代谢、胆汁分泌、胃酸分泌 3 条信号通路,分子功能的正调控、细胞对含氧化合物的反应、细胞对含氮化合物的反应、对肽的响应、葡萄糖输入的调控等生物过程,质膜蛋白复合体、T细胞受体复合物、细胞侧膜等细胞组分,核苷三磷酸酶调节活性、GTPase激活剂活性、外源蛋白结合等分子功能.通过WGCNA共筛选出 56 个枢纽基因,3 种机器学习交集得到 1 个特征基因:TRBV7-2.ROC曲线分析得出TRBV7-2的AUG=0.72,具有较高的临床诊断价值,其表达量在脓毒症免疫抑制患者样本中显著下调.RT-qPCR结果显示,脓毒症免疫抑制组小鼠血液中TRBV7-2 基因表达低于脓毒症免疫正常组.通过分子对接技术得出小檗碱、黄芩苷、苍术素等10个潜在靶向中药活性成分.结论 TRBV7-2 可能作为脓毒症免疫抑制的诊断生物标志物,小檗碱等 10 味靶向中药活性成分可能成为降低脓毒症致死率的立足点.

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作者 林文杰 [1] 吴慧萍 [2] 学术成果认领
作者单位 福州市仓山区上渡街道社区卫生服务中心,福建 福州 350007 [1] 福建师范大学 数学与统计学院,福建 福州 350007 [2]
栏目名称
DOI 10.16746/j.cnki.11-9332/r.2024.01.005
发布时间 2024-07-25(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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