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首页 > 电子学报 > 基于Memetic优化的智能DNA序列数据压缩算法

基于Memetic优化的智能DNA序列数据压缩算法

Intelligent DNA Sequence Data Compression Using Memetic Algorithm

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摘要提出近似重复矢量(Approximate Repeat Vector,ARV)模型用于DNA序列冗余片段的描述.通过将数据生物信息学特征引入压缩预处理,并使用ARV矢量构造编码码本,提出了非对称DNA序列压缩算法BioLZMA-2.算法引入基于粒子群优化的Memetic改进方法CLIPSO-MA用于压缩码本的智能优化设计,有效提升了编码性能.在标准测试序列上的实验结果表明,BioLZMA-2可获得比现有DNA序列数据压缩方法更高的压缩率.

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作者 周家锐 [1] 纪震 [2] 朱泽轩 [2] 陈思平 [1] 学术成果认领
作者单位 浙江大学生物医学工程与仪器科学学院,浙江杭州310027;深圳大学计算机与软件学院,广东深圳518060;深圳市嵌入式系统设计重点实验室,广东深圳518060 [1] 深圳大学计算机与软件学院,广东深圳518060;深圳市嵌入式系统设计重点实验室,广东深圳518060 [2]
关键词 DNA序列数据压缩生物信息学近似重复矢量Memetic算法
分类号 TP391
栏目名称
学术论文
DOI 10.3969/j.issn.0372-2112.2013.03.016
发布时间 2013-06-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（61171125,60872125,61001185,61211130120） 霍英东教育基金高等院校青年教师基金基础性研究项目（10151806001000002）
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