扎伊尔型埃博拉病毒型特异性标签序列鉴定及其荧光定量PCR检测

Identification of Zaire ebola virus specific signature sequence and its fluorescence quantitative PCR detection

摘要目的建立一种快速准确检测扎伊尔型埃博拉病毒(Zaire ebola virus,ZEBOV)的方法.方法以2014年西非新分离的3株ZEBOV全基因组参考序列及1976年从Mayinga分离的ZEBOV株(NC_002549)为目标,基于Insignia系统算法与GenBank中Nt库比对,求出ZEBOV特异性核酸标签序列.设计引物、TaqMan探针和优化反应条件,以10倍系列稀释的阳性质粒做标准曲线,做准确性、重复性实验.并以其余4个亚型的埃博拉病毒、马尔堡病毒、西尼罗河热病毒、东方马脑炎病毒、西方马脑炎病毒等8种病毒对照及临床48例患者复杂样本为对照做特异性检测.结果选择比对得到的特异性标签序列(KJ660348,11331-11514)设计探针引物,标准曲线相关系数＞0.99,灵敏度可达5×101拷贝.准确性重复性实验结果批内变异系数(CV)为0.88％～ 2.50％、批间CV为1.75％～3.31％.8种病毒及临床48例患者复杂样本对照均为阴性.结论 ZEBOV核酸标签(KJ660348,11331-11514)在非编码区,在此基础上建立的荧光定量PCR方法可特异性检测ZEBOV,且灵敏、重复性好.