类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞特征基因TNFAIP6的鉴定及验证
Identification and validation of hub gene TNFAIP6 of fibroblast-like synoviocytes in rheumatoid arthritis
摘要目的 鉴定类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)成纤维样滑膜细胞的特征基因,并验证其对增殖、迁移、侵袭能力的影响.方法 从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载4个独立的滑膜组织微阵列转录组测序数据集(GSE1919、GSE55235、GSE55457、GSE77298)和1个滑膜细胞单细胞测序数据集(GSE192504),利用差异基因分析、加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)、单细胞测序数据分析等多种生物信息学分析方法鉴定RA成纤维样滑膜细胞的特征基因.利用RT-qPCR和Western blot检测肿瘤坏死因子α诱导蛋白6(TNF alpha induced protein 6,TNFAIP6)在人RA成纤维样滑膜细胞系MH7A体外模拟炎症环境下的表达水平.MH7A转染si-TNFAIP6进行基因沉默,采用CCK-8和Transwell实验检测沉默TNFAIP6对MH7A细胞增殖、迁移、侵袭能力的影响.结果 联合差异基因分析、WGCNA和单细胞测序数据分析,确定了1个RA成纤维样滑膜细胞特征基因(TNFAIP6).RT-qPCR和Western blot显示,与无菌磷酸盐缓冲液(phosphate buffered saline,PBS)处理比较,10 ng/mL 浓度的肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)显著上调MH7A细胞TNFAIP6的mRNA和蛋白表达(P<0.05).CCK-8和Transwell实验显示,在MH7A细胞敲低TNFAIP6的表达后,敲低组(si-TNFAIP6)的细胞增殖、迁移和侵袭能力相较于对照组(FAM-si-NC)有显著的降低(P<0.05).结论 TNFAIP6在RA成纤维样滑膜细胞中特异性高表达,促进其增殖、迁移、侵袭能力,可能是RA成纤维样滑膜细胞异常活化的主要贡献者.
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