基于焦亡相关基因的骨髓炎诊断模型构建与线粒体-炎症互作机制解析:整合多组学与机器学习的生物信息学研究
Construction of a pyroptosis-related gene-based diagnostic model for osteomyelitis and analysis of the mitochondria-inflammation interaction mechanism:a bioinformatics study integrating multi-omics and machine learning
摘要目的 金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)诱导的骨髓炎(osteomyelitis,OM)作为骨科常见难治性感染,其早期诊断与免疫微环境解析面临严峻挑战.焦亡相关基因(pyroptosis-related genes,PRGs)的表达谱与SA-OM密切相关,这些基因可能通过线粒体相关通路影响免疫微环境,从而参与疾病进程,且特定基因组合可用于构建高精度诊断模型.本研究旨在整合多组学与机器学习,筛选SA-OM中关键的焦亡相关诊断生物标志物,构建高精度诊断模型,并解析其通过"线粒体-炎症"互作影响免疫微环境的分子机制.方法 基于GEO数据库收录的3个SA-OM数据集(GSE6269/GSE16129/GSE30119),共纳入143例SA-OM患者与79例健康对照样本,通过数据预处理(sva包校正批次效应)、差异表达分析(limma包筛选DE-PRGs,adj.P<0.05且|log2FC|>0.263)、共表达网络构建(WGCNA算法鉴定关键模块基因,softThreshold=5)、多组学交叉验证(Pearson相关性分析筛选MR-PRGs)、机器学习建模(SVM-RFE/LASSO/随机森林交叉验证筛选特征基因,n=9)及诊断模型构建(逻辑回归列线图模型,通过AUC、校准曲线slope与DCA评估效能),结合免疫微环境解析(CIBERSORT/ssGSEA定量分析22种免疫细胞浸润水平).结果 发现23个DE-PRGs中8个关键基因构成的诊断模型在训练集(AUC=0.89,95%CI:0.83~0.95)与验证集(AUC=0.83,95%CI:0.76~0.90)均展现出优异性能,RT-qPCR实验进一步验证,在SA-OM组中,焦亡通路关键基因Caspase-1与IL-18的mRNA表达水平较对照组显著上调(P<0.05),与生物信息学结论相互印证.且METTL3-MRPL39轴显著富集于代谢通路与线粒体基因表达生物学过程,进一步揭示疾病组Th1/Th17细胞浸润水平较对照组升高3.2倍(P<0.001),METTL3表达与效应T细胞浸润呈正相关(r=0.65,P=0.008).结论 研究系统阐明SA-OM中焦亡相关基因的调控网络,构建的诊断模型为早期筛查提供新工具,同时发现的线粒体-炎症互作机制及特异性免疫微环境特征为靶向治疗策略研发奠定理论基础.
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