换一批猪A群轮状病毒GZAS2020株与NX疫苗株的差异性分析
Difference Analysis of Swine Group A Rotavirus GZAS2020 Strain and NX Vaccine Strain
摘要为比较实验室分离保存的猪轮状病毒田间株(GZAS2020株)与猪三联腹泻活疫苗NX株的差异,参照已发表的A群猪轮状病毒VP4、VP6、VP7序列设计合成3对扩增全基因的通用引物,分别克隆测序GZAS2020株和NX株的VP4、VP6、VP7全基因.采用DNAStar对GZAS2020株和NX株VP4、VP6、VP7这3个主要基因进行核苷酸、氨基酸同源性分析以及遗传进化树构建,结果显示,GZAS2020株与NX株VP4、VP6、VP7基因核苷酸同源性分别为75.2％、90.0％和79.4％,氨基酸同源性分别为78.5％、74.1％和82.4％,根据G/P分类命名法,GZAS2020株属于G5P[13].与NX疫苗毒株相比,GZAS2020株的VP4基因在359、360、750 bp处存在C、A、C碱基的缺失,在347、348、570、571、572、579、580、581、757 bp处分别插入了C、C、C、A、A、G、G、G、C碱基;VP6基因不存在插入和缺失;VP7基因在258、1029 bp处分别存在T、A碱基的插入,266 bp处存在1个C碱基的缺失.结果表明,GZAS2020株和NX株在核苷酸位点上有一定的插入、缺失以及突变,导致编码氨基酸有意义突变,致使蛋白抗原表位出现差异.研究结果可为临床疫苗的选用、诊断方法的建立及猪轮状病毒疫苗候选株的筛选提供参考,也丰富了贵州省猪轮状病毒病的流行病学资料.
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