鸡星状病毒实时荧光逆转录重组酶介导核酸等温扩增检测方法的建立
Establishment of a Real-time Fluorescent Reverse Transcription Recombinase-mediated Isothermal Amplification(RT-RAA)Method for the Detection of Chicken Astrovirus
摘要为建立针对鸡星状病毒(CAstV)的实时荧光逆转录重组酶介导核酸等温扩增(RT-RAA)检测方法,基于CAstV的ORF1b基因序列设计引物和探针.通过试验筛选,确定最优的引物和探针组合,并对反应条件进行优化.利用优化好的反应条件进行特异性、敏感性和重复性测试.针对从广西南宁不同地区采集的200份临床样品进行检测,并将结果与RT-PCR和RT-qPCR进行对比.结果显示,建立的实时荧光RT-RAA方法能在20 min内完成反应,最佳反应温度为41℃,显示出极高的灵敏度,最低检测限达到1.4× 101 copies/μL,比普通RT-PCR高100倍.所设计的引物特异性高,仅能扩增出CAstV病毒,而对其他病原体无交叉反应.重复性试验结果表明该方法具有良好的稳定性.与RT-qPCR相比,实时荧光RT-RAA的检测结果符合率高达98.27%,而普通RT-PCR与RT-RAA相比符合率仅为82.45%.建立了一种高效、快速、准确、灵敏且特异性强的实时荧光RT-RAA方法,适用于CAstV的临床大规模鉴别检测,为CAstV感染的监控提供了技术支持.
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