换一批采用 Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性
Caecal Microbiota Diversity Analysis of Weaning Rabbits Using Illumina Miseq Sequencing Technology
摘要本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性. 选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14 日龄开始补饲,断奶当日( 30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮. 分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性. 结果显示:1 )健康幼兔盲肠微生物群落 α 多样性指数指标( ACE 值、Chao1 值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P<0.10). 2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著( P>0.05) ,且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著( P<0.05). 3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著( P>0.05). 由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂.
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