换一批
换一批小鼠烧伤早期免疫细胞基因表达谱分析及靶基因的筛选
Screening of biomarkers related with leukocyte responses early after burn injury in mice by differential gene expression profiling
摘要目的 利用生物信息学方法对小鼠烧伤早期免疫细胞差异基因表达谱进行分析并检测,筛选相关差异基因,以期找到潜在的诊断及治疗靶标.方法 从GEO数据库中下载GSE7404数据集,通过配对样本t检验、倍比法及GO功能富集分析筛选差异表达基因,应用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络筛选相关基因靶标,运用实时荧光定量PCR及Western blotting进行试验验证.结果 在烧伤后第1天,有1825个基因被选出,其中上调基因658个,下调基因1167个.运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白互作网络分析,发现Stat1、Cdk1、Cd19、Lck及Jun基因在烧伤后免疫系统功能变化过程中可能起到重要作用.实时荧光定量PCR及Western blotting检测显示Stat1、Cdk1和Jun基因表达情况与分析结果相一致.结论 通过对小鼠烧伤后早期全血游离白细胞基因芯片分析我们发现Stat1、Cdk1和Jun基因在烧伤早期免疫细胞功能变化的过程中发挥重要的作用,可能是烧伤早期诊断及治疗的潜在的生物学靶标.
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关键词
烧伤免疫系统过程差异表达基因蛋白互作网络post-burn injuryimmune system processdifferentially expressed genesprotein-protein interaction network
栏目名称
基础研究
DOI
10.3969/j.issn.1673-4254.2017.06.09
发布时间
2017-07-06
基金项目
广东省科技计划项目
南方医科大学南方医院院长基金
广州市科技计划项目
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