换一批急性T淋巴细胞性白血病关键基因的筛选与验证
Screening and verification of key genes in T-cell acute lymphoblastic leukemia
摘要目的 筛选并验证急性T淋巴细胞性白血病关键基因,并对其进行生物信息学分析.方法 从公共数据库基因表达数据库(GEO)中下载T-ALL基因表达谱芯片GSE14317,应用R软件limma包筛选差异表达基因.利用DAVID数据库对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时利用STRING数据库及Cytoscape软件构建差异蛋白互作网络,应用JASPAR数据库构建转录因子靶基因网络,利用RT-PCR验证关键基因mRNA表达水平.结果 GSE14317表达谱芯片中共有1443个差异基因,包括800个上调基因和643个下调基因,这些差异基因主要富集在细胞周期,造血细胞系,细胞因子间相互作用以及T细胞受体信号通路等.蛋白质相互作用网络图中显示节点最多的10个枢纽基因分别是CDK1,PIK3R1,CCNB1,CCNA2, CDC20,JUN,GNG11,PLK1,PCNA和CCNB1,这些基因在子网络中分别富集于趋化因子信号通路,泛素介导的蛋白降解以及细胞周期等.转录因子调节网络显示42个差异表达的转录因子,其中ELF5,HIC2和MEIS1与候选的9个关键基因启动子上游均有结合位点.RT-PCR结果显示除GNG11外其余9个关键基因表达情况与芯片结果一致,ELF5,HIC2和MEIS1表达均升高与芯片结果一致.结论 CDK1,PIK3R1,CCNB1,CCNA2,CDC20,JUN,PLK1,PCNA,CCNB1,ELF5,HIC2和MEIS1在T-ALL发生中发挥重要作用,为T-ALL的治疗和诊断提供生物学靶标.
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关键词
急性T淋巴细胞白血病生物信息学差异表达基因转录因子T-cell acute lymphoblastic leukemiaBioinformatics analysisdifferentially expressed genetranscription factor
医学主题词
基因(Genes)转录因子(Transcription Factors)计算生物学(Computational Biology)数据库(Database)白血病, 淋巴样(Leukemia, Lymphoid)
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1673-4254.2018.03.04
发布时间
2018-05-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（(81373444,81570142)）
Supported by National Natural Science Foundation of China（(81373444, 81570142)）
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