换一批
换一批博莱霉素诱导小鼠肺纤维化中差异表达的mRNA及其与LncRNA的共表达网络关系
Differential mRNA expression in C57BL/6 mice with bleomycin-induced pulmonary fibrosis and its association with LncRNA co-expression network
摘要目的 研究博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化模型中mRNA/LncRNA表达谱的变化,筛选出肺纤维化相关的mRNA,与差异LncRNA进行编码-非编码共表达(CNC)生物信息学分析.方法 采用气管内注射博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型.SPF级C57BL/6小鼠随机分为模型组(10只/组,向心端气管内注入100μL博来霉素溶液3 mg/kg)及对照组(10只/组,注入等量的0.9％的氯化钠注射液),于14 d时处死大鼠留取肺组织.通过Masson染色和HE染色评估组织肺纤维化程度.利用LncRNA芯片技术筛选肺纤维化过程中差异表达的mRNA与LncRNA表达谱,通过NCBI数据库aUCSC数据库等对差异mRNA进行GO及pathway等生物信息学分析,筛选出纤维化可能相关的mRNA,通过qRT-PCR验证其表达变化,进一步与所有差异表达LncRNA进行CNC共表达分析,构建纤维化可能相关mRNA与差异LncRNA共表达网络.结果 模型组肺组织纤维化程度显著高于对照组.基因芯片显示与对照组相比,模型组中表达上调的mRNA有127个,表达下调的有184个,GO及pathway分析发现差异表达的基因在生物学功能上主要涉及免疫反应、细胞分化、细胞骨架等;参与的信号通路主要有细胞因子与细胞因子受体相互作用、趋化因子信号转导通路等.生物信息学分析发现纤维化相关mRNA与差异表达的LncRNA存在显著的共表达网络关系.结论 本研究筛选出小鼠肺纤维化发生过程中差异变化mRNA/LncRNA表达谱,生物信息学分析得出纤维化相关mRNA确实与大量差异的LncRNA存在高度相关的共表达关系.
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