换一批早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白相互作用的生物信息学分析与验证
Bioinformatics analysis and validation of the interaction between PML protein and TAB1 protein
摘要目的 通过生物信息学方法预测早幼粒细胞白血病蛋白与TAK1结合蛋白的相互作用,并通过免疫共沉淀方法进行实验验证.方法 使用Rosetta软件,采用比较建模的方法,构建TAB1蛋白的三维模型;在PDB数据库中检索PML蛋白二级结构,并解析其晶体结构和三维结构.Zdock3.0.2软件进行PML与TAB1的蛋白-蛋白对接,并提取最佳构象进行对接模型的分子结构分析.α-MMC处理的M1炎性巨噬细胞,利用免疫共沉淀技术检测两种蛋白的相互作用.结果 以PML的6IMQ为对接部位时,PML蛋白与TAB1蛋白能形成3个盐桥、6个氢键和6个疏水作用;以PML的5YUF为对接部位时,PML蛋白与TAB1蛋白能形成1个氢键、3个静电相互作用和9个疏水作用,两种对接模式皆能形成良好的分子对接和相互作用;在α-MMC处理4h后,其PML-IP组的细胞裂解沉淀液中分别能检测到显著的PML和TAB1阳性蛋白条带.结论 PML蛋白与TAB1蛋白能发生较强的相互作用.
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关键词
TAB1蛋白PML蛋白生物信息学蛋白-蛋白对接免疫共沉淀TAB1 proteinPML proteinbioinformaticsprotein-protein dockingco-immunoprecipitation
栏目名称
DOI
10.12122/j.issn.1673-4254.2024.01.21
发布时间
2024-02-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
四川省科技厅重点研发项目（2018SZ0016）
四川省科技厅重点研发项目（2019YFS0307）
四川省科技厅重点研发项目（2021YFS0053）
成都医学院自然科学基金项目（CYZYB22-04）
成都医学院检验医学院自然科学基金（JYZK202201）
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