基于生物信息学分析CCND2在甲状腺乳头状癌中的表达及其对免疫浸润的影响
Bioinformatic analysis of CCND2 expression in papillary thyroid carcinoma and its impact on immune infiltration
摘要目的 探讨凋亡相关基因细胞周期蛋白D2(CCND2)在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床病理的联系.方法 通过公共数据库TCGA、TIMER 2.0和UALCAN获取CCND2的表达情况;采用ROC曲线对甲状腺乳头状癌(PTC)组织和癌旁组织进行鉴别;使用基因本体功能注释(GO)对CCND2相关差异基因(DEGs)进行富集分析;使用TIMER数据库和CIBERSORT数据源分析甲状腺癌中CCND2的肿瘤免疫浸润情况;采用RT-qPCR和Western blot检测人甲状腺正常细胞系Nthy-ori-3-1和人甲状腺乳头状癌细胞系TPC-1、BCPAP中CCND2表达量;采用免疫组织化学SABC法检测PTC及癌旁组织中CCND2表达,并探讨其与临床病理的联系.结果 TCGA、TIMER2.0、UALCAN分析显示,与癌旁组织相比,CCND2 mRNA在甲状腺癌中高表达(P<0.001),并且与Stage分期、性别、年龄、病理亚型及区域淋巴结受累情况有关(P<0.05);ROC结果显示,截断值为4.983时,CCND2的灵敏度、特异度和准确度分别为83.6%、94.9%和78.5%;GO分析表明CCND2的差异表达与免疫功能有关;TIMER数据库显示,CCND2表达与B细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞呈正相关(partial.cor>0,P<0.001),而与CD8+T细胞呈负相关(partial.cor<0,P<0.01).CIBERSORT数据库显示,CCND2表达与B细胞记忆渗透水平、CD4+T细胞记忆激活状态、M2巨噬细胞表达水平、肥大细胞静息状态和肥大细胞激活状态显著相关(P<0.05).RT-qPCR及Western blot结果显示,CCND2在细胞系TPC-1、BCPAP中的表达量高于Nthy-ori-3-1(P<0.01).免疫组织化学结果显示,CCND2在PTC中的阳性表达高于癌旁组织(P<0.05)且与肿瘤大小、淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05).结论 PTC中CCND2表达上调可能与肿瘤进展及免疫细胞浸润密切相关.
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