换一批分子动力学模拟研究穿膜肽 bLFcin6与不同磷脂双层膜的相互作用
Study on the Lnteraction between BLFcin 6 and Three Different Membrane by Molecular Dynamics Simulation
摘要穿膜肽是一类由5～30个氨基酸残基组成的有穿膜能力的小分子多肽，可携带各种物质进入细胞内部，发挥各自生物学活性．bL Fcin6是一种新的细胞穿透肽，选取含有4～9个残基的 bL Fcin6为研究对象，用Py‐mol软件来构建肽的初始结构并下载膜DPPC ，POPC ，POPG的结构，在优化后搭建肽－膜的初始体系．每个体系模拟了500 ns ，对肽用GROMOS53a6力场处理，对膜用Berger力场处理，温度设置为323 K ．在这3个体系中， bLFcin6进入到DPPC的羰基端并与疏水的尾部相互作用；bLFcin6能进入到POPG的亲水头部，不能更深的插入到内部；bL Fcin6并不能接触到膜上．分析了在不同氨基酸与膜带电基团之间氢键的形成，发现了带正电的精氨酸在肽－膜之间的相互作用起了一个重要的角色．计算了在不同的氨基酸和膜的质心之间的距离，发现肽的N端首先接触到DPPC和POPG的膜上．此外，不同膜对bLFcin6穿膜能力的影响与脂质分子的结构有关．BLFcin6对不同膜有不同的渗透能力．我们重点强调了精氨酸的重要性，与先前实验和模拟中得到的结果是一致的，这为进一步探究bL Fcin6的穿膜机制提供了一定的帮助．
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关键词
穿膜肽磷脂双层膜分子动力学模拟肽膜相互作用Cell Penetrating PeptideLipid Bilayer MembranesMolecular Dynamics SimulationPeptide-membranes Interaction
分类号
Q73（生物膜的结构和功能）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1004-9444.2016.02.005
发布时间
2016-06-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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