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SAGE方法分析永生化BEP2D细胞及α粒子诱发恶性转化BEP2D细胞的基因表达

Serial Analysis of Gene Expression in Immortalized BEP2D Cells and Malignant Transformed BEP2D Cells Induced by α-particle

摘要目的:采用基因表达系列分析(serialanalysisofgeneexpression,SAGE)方法,分析永生化BEP2D细胞及α粒子诱发恶性转化BEP2D细胞的基因表达。方法:细胞培养,收获永生化BEP2D细胞及α粒子诱发恶性转化BEP2D细胞;提取细胞总RNA,分离mRNA,合成生物素标记的双链cDNA;采用SAGE方法获取标签序列,结合UniGene文库分析标签代表的转录本,最终通过SAGE软件分析标签丰度,比较两组细胞基因表达差异。选取SAGE实验得到的在两组细胞中表达的已知基因Smad7和CCR11,以RTPCR方法制备探针,用两组细胞等量总RNA为样本,做Northernblot杂交。结果:建立了2个独立的SAGE文库。一个是1.5Gyα粒子照射诱发恶性转化BEP2D细胞的SAGE文库,一个是永生化BEP2D细胞SAGE文库。从2个文库中分别挑取克隆53个、50个,进行测序,测序一共得到总标签2331个,代表单一转录本252个,有70%的SAGE标签可找到与之一一对应的基因,有84个核糖体蛋白基因,约占33%;有12个转录本(4.8%)找不到与之理想匹配的已知基因;2个SAGE文库间,大多数基因表达丰度相近。对2个SAGE文库进行比较发现有在永生化细胞中高表达的基因,也有在恶转细胞中高表达的基因。Northernblot杂交证实SAGE方法得到的TGFβ诱导的Smad7基因在恶转BEP2D细胞中表达略高,化学激活物受体CCR11基因在永生化BEP2D细胞高表达。结论:(1)现有SAGE结果给出两组细胞基因表达丰度及表达差异的趋势。(2)SAGE方法结合Northernblot杂交,证实TGFβ诱导的Smad7基因在恶转BEP2D细胞中表达略高,化学激活物受体CCR11基因在永生化BEP2D细胞高表达。提示Smad7基因参与细胞恶转,CCR11基因对维持细胞正常生长有作用。(3)SAGE方法同时定量比较两组或两组以上mRNA间基因表达水平,简便、快捷,尤其适于筛查已知基因的新功能。

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分类号 R734.2
栏目名称 快速报道
DOI 10.3969/j.issn.1000-467X.2001.01.003
发布时间 2004-01-08
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癌症

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2001年20卷1期

12-17页

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