换一批数据库挖掘法高通量筛选分析前列腺癌相关基因
High Throughput Screening and Analysis of Prostate Cancer-related Genes through Mining Databases
摘要背景与目的:发现并研究前列腺癌与正常前列腺组织差异表达的基因,不仅可帮助阐明前列腺癌分子病理学机理,而且可提供有价值的诊断及治疗的肿瘤标志物.越来越多的肿瘤基因表达信息被收集在美国癌症基因组解剖计划(CGAP)数据库,给肿瘤研究者提供了一个前所未有的机会去挖掘筛选肿瘤差异表达基因.本研究探讨利用这些公用信息及分析软件去分析挖掘前列腺癌差异表达基因的可行性及具体筛选方法.方法:通过选择合理的数据库及统计参数,利用分析软件SAGE DGED及cDNA DGED获得在前列腺癌组织相对正常组织差异表达超过5倍的SAGE标签及cDNA,完成SAGE标签对基因的确认后根据我们制定的筛选原则进行标签筛选;最后通过UniGene、OMIM及Pub/Med等数据库注释候选基因的主要功能及与前列腺癌的关系.结果:通过SAGE DGED得到53条差异表达基因,其中26条为前列腺癌上调表达,27条下调表达.通过cDNA DGED得到28条差异表达基因,其中15条前列腺癌上调表达,13条下调表达.结论:合理利用公用生物信息学资源,联合多数据库挖掘肿瘤相关基因是一个简单而可行的方法,可以给进一步的生物学实验以大量的提示.
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分类号
R737.25（泌尿生殖器肿瘤）
栏目名称
DOI
10.3321/j.issn:1000-467X.2006.05.025
发布时间
2006-06-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
中国科学院项目（非规范项目）（30400446）
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