基于Ion Torrent PGMTM测序系统的人mtDNA全测序分析

Whole Genome Sequencing of Human mtDNA Based on Ion Torrent PGMTM Platform

二维码有效期 120s

摘要目的应用Ion Torrent PGMTM测序系统对人线粒体DNA(mitochondria DNA,mtDNA)全序列进行分析检测,研究不同组织间mtDNA序列差异情况. 方法通过法医尸体检验采集6名无关个体的组织样本,包括胸腔血液、头发、肋软骨、指甲、骨骼肌和口腔上皮.使用4对引物对线粒体全序列进行扩增,应用Ion ShearTM Plus Reagents试剂盒和Ion Plus Fragment Library试剂盒等构建文库,并在Ion Torrent PGMTM测序系统上进行线粒体基因组全序列测序,并针对异质性位点和在HV Ⅰ区域突变位点,进行Sanger测序验证. 结果所有样本的全基因组mtDNA都扩增成功,6名无关个体分属于6种不同的单倍型,同一个体不同组织之间mtDNA存在异质性差异.异质性位点和HV Ⅰ区域突变位点采用Sanger测序结果均得到验证.通过Kappa统计方法进行一致性检验后发现,相同个体不同组织的mtDNA序列检验结果仍具有较好的一致性. 结论本研究所采用的人线粒体基因组全序列的测序检验方法,可以检测出同一个体不同组织间mtDNA的异质性差异,该差异具有较高的一致性,该结果对mtDNA在法庭科学中的应用具有指导作用.

作者曹禹 ^[1] 邹凯南 ^[2] 黄江平 ^[2] 马克 ^[3] 平原 ^[2] 学术成果认领

作者单位上海市公安局物证鉴定中心法医物证学现场应用技术公安部重点实验室上海市现场物证重点实验室,上海200083;复旦大学生命科学学院,上海200438 ^[1] 上海市公安局物证鉴定中心法医物证学现场应用技术公安部重点实验室上海市现场物证重点实验室,上海,200083 ^[2] 上海市刑事科学技术研究院,上海,200083 ^[3]

关键词法医遗传学 DNA,线粒体遗传异质性 Ion Torrent PGMTM测序系统高通量核苷酸序列分析 forensic genetics DNA,mitochondrial genetic heterogeneity Ion Torrent PGMTM sequencing system high-throughput nucleotide sequencing

主题词线粒体(Mitochondria)人(Persons)性(Sex)组织(Tissues)法医遗传学(Forensic Genetics)

分类号 DF795.2

栏目名称论著

DOI 10.3969/j.issn.1004-5619.2017.04.007

发布时间 2017-12-06

基金项目

法医现场物证快速性别判断及DNA信息综合获取资助项目