芯片式数字PCR检测禽流感病毒方法的性能验证

Performance verification of a chip based digital PCR method for detecting avian influenza virus

二维码有效期 120s

摘要目的对芯片式数字PCR检测禽流感病毒的方法进行评估,并与荧光定量PCR方法进行比较.方法分别用芯片式数字PCR(dPCR)和实时荧光定量PCR(qPCR)两种方法检测不同浓度梯度的质粒标准品,对两种方法检测结果的线性范围,一致性,批内精密度,最低检出限等方面进行比较评估.并对31份农贸市场禽流感环境标本分别用数字PCR和实时荧光定量PCR检测,利用配对卡方检验来评估两种方法阳性率的差异,并用Bland-Altman法分析与荧光定量PCR方法的一致性.结果质粒标准品在 3.05×102 copies/mL～1.00×107 copies/mL的浓度范围内,与dPCR检测值呈良好的线性关系,R2=0.9969,dPCR和qPCR在线性范围内斜率之间的差异无统计学意义(F=0.996,P=0.321);dPCR在不同稀释度的批内精密度变异系数(CV)范围为2.36%～22.78%;dPCR的估计检测下限(LOD)为410(95%CI:344～570)copies/mL,qPCR的估计LOD为845(95%CI:749～1 004)copies/mL;用dPCR和qPCR检测31份农贸市场环境标本,dPCR的检出率96.8%,qPCR的检出率80.6%(Kappa=0.244,P=0.063).结论本研究验证了芯片式数字PCR系统的性能及其与荧光定量PCR系统的方法学比较.芯片式数字PCR在其动态范围内表现出良好的线性,R2=0.996 9,能够准确且高精度(CV)范围为2.36%～22.78%的定量不同浓度(3.05×102～1.00×107 copies/mL)的复杂样本.