换一批烟酰胺酶催化水解脱氨反应的QM/MM分子动力学模拟
QM/MM Molecular Dynamics Simulation on the Mechanisms for the Hydrolytic Deamination of Nicotinamidase
摘要采用QM(PM3)/MM分子动力学(MD)方法模拟了烟酰胺酶催化烟酰胺水解脱氨形成烟碱酸的反应过程.计算结果表明,硫的亲核进攻是整个反应的速率控制步骤.当改变Ala155所在Loop区的位置,在亲核进攻时,底物能够自由旋转,可以加速亲核进攻过程并降低整个催化反应的能垒.讨论了氨分子的离去过程和质子传递过程的相关细节.为烟酰胺酶的定点突变以及脱氨酶的设计提供了有益的参考.
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关键词
烟酰胺酶脱氨反应机理QM/MM方法分子动力学模拟NicotinamidaseDeaminationMechanismQuantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) methodMolecular dynamics simulation
分类号
O641
栏目名称
DOI
10.7503/cjcu20150365
发布时间
2016-02-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（(批准号,21203006, 21373023)）
Supported by the National Natural Science Foundation of China（(,21203006, 21373023)）
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