力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证

Effect of Force Fields and Water Models on EGFRvⅢ-MR1( scFv) Complex by Molecular Dynamics Simulation, MM-PBSA Calculation, and ITC Experiment

二维码有效期 120s

摘要以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100 ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计算自由能(MM-PBSA),并在实验上利用等温滴定量热(ITC)仪测定了抗原和抗体相互作用的热力学参数.通过在结构变化、能量变化及野生型与突变体比较等几个方面进行综合分析,给出了最佳的计算模型.对不同力场及水模型计算精度等相关问题进行了探讨.

作者任家毅 ^[1] 杨志伟 ^[2] 郑念珏 ^[3] 李军旗 ^[4] 杨春龙 ^[5] 林淑健 ^[4] 杨冰 ^[4] 黄俊卿 ^[1] 廖化新 ^[6] 袁晓辉 ^[7] 欧仕益 ^[8] 学术成果认领

作者单位暨南大学中医学院,广州,510632 ^[1] 西安交通大学理学院,西安,710049 ^[2] 暨南大学生物医药研究院,广州510632;广州中医药大学顺德医院,顺德528300 ^[3] 暨南大学生物医药研究院,广州,510632 ^[4] 广州中医药大学顺德医院,顺德,528300 ^[5] 暨南大学生物医药研究院,广州510632;广东省生物工程药物重点实验室,广州510632 ^[6] 暨南大学生物医药研究院,广州510632;广东省生物工程药物重点实验室,广州510632;基因工程药物国家工程研究中心,广州510632 ^[7] 暨南大学食品科学与工程系,广州,510632 ^[8]

关键词单链抗体分子动力学模拟分子力学和连续介质模型的自由能计算等温滴定量热均方根偏差 Single-chain variable fragment ( scFv )Molecular dynamics ( MD ) simulation Molecular mechanics/Poisson-Boltzmann surface area(MM-PBSA)Isothermal titration calorimetry(ITC)Root mean square deviation( RMSD)

分类号 O641

栏目名称

物理化学

DOI 10.7503/cjcu20170212

发布时间 2017-12-06

基金项目