中性粒细胞胞外诱捕网相关基因介导口腔鳞状细胞癌发病机制及预后标志物的研究
Research on the mechanism of neutrophil extracellular trap-related genes mediating the onset of oral squa-mous cell carcinoma and their prognostic markers
摘要目的 探讨中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)相关基因在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的预后价值及生物学功能.方法 从癌症基因组图谱数据库(TCGA)和基因表达谱数据库(GEO)获取OSCC的333例转录组数据及6例单细胞测序数据.基于69个NETs相关基因集,采用单因素Cox与Lasso-Cox回归构建OSCC预后风险模型,通过Kaplan-Meier分析和受试者工作特征(ROC)曲线评估模型效能,并进行风险评分与列线图分析.进一步探究NETs风险评分与血管生成、上皮间充质转化(EMT)及细胞周期的关系.采用富集分析注释相关通路功能.通过Kaplan-Meier分析筛选预后关键基因,并进行药物预测与分子对接验证候选靶点.运用单细胞RNA测序分析关键基因组织蛋白酶G(CTSG)在肿瘤微环境(TME)中的表达特征,利用TCGA泛癌及OSCC数据分析CTSG在肿瘤与正常组织中的表达差异,最后采用组织芯片进行免疫组化实验,在蛋白水平验证CTSG的表达.结果 成功构建基于6个NETs相关基因(F3、AKT1、CTSG、VNN3、MPO、IL17A)的风险预后模型.高风险组患者总生存期(OS)显著缩短(P<0.000 1).模型在预测1、3、5年生存率的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.718、0.820和0.805,NETs风险评分被确立为独立预后因素(P<0.001),且列线图校准良好.NETs 风险评分与血管生成(r=-0.20,P<0.001)、EMT(r=0.17,P<0.01)、G1/S周期(r=0.11,P<0.05)及 G2/M 周期(r=0.17,P<0.01)相关.基因集富集分析(GSEA)提示高风险组富集于基底细胞癌等通路,低风险组富集于α-亚麻酸代谢等通路(P<0.05).Kaplan-Meier分析提示CTSG低表达患者预后较差(P<0.001);分子对接显示CTSG与谷胱甘肽结合良好(结合能:-7.4 kcal/mol);单细胞分析表明CTSG在肥大细胞亚群中高表达,在恶性细胞中低表达(P<0.001);TCGA泛癌分析表明CTSG在包括OSCC在内的多种癌组织中低表达(P<0.05);免疫组化证实癌组织中CTSG表达低于癌旁组织(P<0.01).结论 本研究构建的NETs相关基因预后模型具有良好的预测性能.CTSG被鉴定为关键预后基因,为OSCC预后评估与靶向治疗提供了新的生物标志物和潜在干预靶点.
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